.. raw:: html

  <LINK rel="stylesheet" type="text/css" href="_static/MView.css">

.. toctree::
   :hidden:

   contents


MView
=====

**MView** reformats the results of a sequence database search (BLAST, FASTA,
etc) or a multiple alignment (CLUSTAL, MSF, MAF, etc) adding optional HTML
markup to control colouring and web page layout. It can also be used as a
filter to extract and convert searches or alignments to common formats.

.. mview -in pearson -html head -css on -colormap clustal -coloring
..   consensus -threshold 90 -consensus on -con_threshold 90,80 -con_ignore
..   class -con_coloring any data.dat 

.. raw:: html

  <PRE>
                        1 [        .         .         .         .         :         .         .         ] 80
  1 EGFR          100.0%  <FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">KI</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">V</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">S</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>AF</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">T</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">YK</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S37>W</FONT><FONT COLOR="#666666">IPEGEK---------VKIP</FONT><FONT CLASS=S37>VAI</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">TSPK-ANK</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S41>DE</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">Y</FONT><FONT CLASS=S37>VM</FONT><FONT COLOR="#666666">A</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT CLASS=S41>D</FONT><FONT CLASS=S38>N</FONT><FONT COLOR="#666666">P</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT CLASS=S37>LL</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT> 
  2 DMDPR2         35.7%  <FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT COLOR="#666666">VN</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">Q</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">T</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">I</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">QQ</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">V</FONT><FONT CLASS=S37>W</FONT><FONT COLOR="#666666">SNGNE-----------RIQ</FONT><FONT CLASS=S37>VAI</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT><FONT COLOR="#666666">R</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT COLOR="#666666">RMQS-NPM</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">A</FONT><FONT CLASS=S37>IM</FONT><FONT COLOR="#666666">H</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S38>N</FONT><FONT CLASS=S37>IV</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S39>Y</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>VV</FONT> 
  3 ITK_HUMAN      32.9%  <FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S38>T</FONT><FONT COLOR="#666666">FV</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">S</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">HL</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">Y</FONT><FONT CLASS=S37>W</FONT><FONT COLOR="#666666">LN--------------KDK</FONT><FONT CLASS=S37>VAI</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S38>T</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">AMS---EE</FONT><FONT CLASS=S41>D</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT COLOR="#666666">I</FONT><FONT CLASS=S41>EE</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>VM</FONT><FONT COLOR="#666666">M</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">P</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S37>LV</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S39>Y</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT> 
  4 GCTK2ID        21.2%  <FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT COLOR="#666666">EV</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">Q</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">V</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">A</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">VL</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>M</FONT><FONT COLOR="#666666">TGLS-XLPKGSMNADGVAL</FONT><FONT CLASS=S37>VAV</FONT><FONT CLASS=S36>KK</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">P</FONT><FONT CLASS=S41>D</FONT><FONT COLOR="#666666">VSD-EVLQ</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT COLOR="#666666">D</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT COLOR="#666666">K</FONT><FONT CLASS=S37>FM</FONT><FONT COLOR="#666666">S</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">D</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S37>IV</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>LLAI</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT> 
  5 CEC55C3        31.5%  <FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT COLOR="#666666">LT</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">K</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>AF</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">WK</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">K</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT COLOR="#666666">LKILDA-------NHQPVL</FONT><FONT CLASS=S37>VAV</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S38>T</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT COLOR="#666666">SMTKEQIK</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT COLOR="#666666">M</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">R</FONT><FONT CLASS=S37>LM</FONT><FONT COLOR="#666666">R</FONT><FONT CLASS=S38>N</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S41>D</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">I</FONT><FONT CLASS=S38>N</FONT><FONT CLASS=S37>VV</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S37>FF</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>VA</FONT> 
    consensus/90%         <FONT COLOR="#666666">.......</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">........................</FONT><FONT CLASS=S37>VA</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">.................</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT COLOR="#666666">...</FONT><FONT CLASS=S37>M</FONT><FONT COLOR="#666666">...............</FONT> 
    consensus/80%         <FONT COLOR="#666666">....</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">..</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">..</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.....................</FONT><FONT CLASS=S37>VA</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">.................</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">..</FONT><FONT CLASS=S37>M</FONT><FONT COLOR="#666666">....</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">...</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">..</FONT> 
  </PRE>

MView is implemented in Perl as a self-contained command line program that
should run cross-platform.


Documentation
^^^^^^^^^^^^^

Main topics:

* `Manual <manual/manual.html>`_
* `Input formats <manual/formats_in.html>`_
* `Output formats <manual/formats_out.html>`_
* `FAQ <manual/faq.html>`_

The full documentation tree is here:

* `Contents <contents.html>`_


Download
^^^^^^^^

The `latest version`_ of the software can be downloaded from the SourceForge
MView project as a UNIX/Linux gzipped or bzipped tar archive.

.. _latest version: https://sourceforge.net/projects/bio-mview


Found a bug?
^^^^^^^^^^^^

Please send an email to *biomview _at_ gmail.com*. If MView isn't able to
parse your input file or produces a warning message, it would be very helpful
if you can include/attach the data file in your email so that I can
(1) quickly reproduce the error, and (2) add the example to the test suite.


Copyright and licence
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

MView and associated libraries are Open Source Software with copyright
protected under the `GNU General Public License, version 2`_.

.. _GNU General Public License, version 2: etc/Licence.html


.. END
