Revision history for Altree Perl program

Version v1.3.0
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Vincent Danjean (37):
      Merge RepeatAssociationQuali and RepeatAssociationQuanti
      Merge CleanCaseControl, CleanChi2 and CleanQuanti into CleanStats
      Add gitignore for build files
      Compute tree representation for efficient stat computation
      Fix depth computation
      Refactor code
      Cleanup C headers
      Cleanup headers
      Cleanup name in XS functions
      ClassicalChi2 as a C function with validation checks
      Remove perl version of ClassicalChi2
      Cleanup and comments in CUtils, add debugging facilities
      move ALTree/Chi2.pm function into CUtils
      Rewrite CalculChi2 in C
      Rewrite Chi2 resampling in C
      Use Chi2 resampling accelerator...
      Run altree in tree for an example
      cleanup Manifest
      Fix "Use Chi2 resampling accelerator..."
      memory managed outside inner functions
      Parallel execution of Chi2 resampling
      Fix some compilation warnings and protect debugging code
      Do not compile with debug code by default
      Fix link so that all functions are found, even if TamuAnova is not loaded
      Get the R code source of the hypergeometric distribution
      Add missing MT-aware random functions
      Use internal mt19937ar_t per thread structure
      Use the hypergeometric distribution
      If ALTREE_PARALLEL is set to -1, all available CPU are used
      Increase compiler warning level
      Optimize rhyper.c for our use case
      Remove dependencies on PDL and PDL::GSL::CDF
      Cleanup version handling
      Update make-release for git
      Fix typo in function name
      Fix linkage for CUtils
      Bump version, new release

Version v1.2.1
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Vincent Danjean (5):
      Update external perl modules
      Bump version
      Move to_rewrite.pm into ALTree namespace
      Update MANIFEST
      Ignore generated files in SVN

Version v1.2
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Vincent Danjean (2):
      pour release 1.2
      Pour release avec fix bug

Version v1.1.1
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Vincent Danjean (3):
      changement adresse e-mail
      MacOSX does not handle files with different case     For example, altree and ALTree can not be both existing     Now, altree is moved into progs/

Version v1.1.0
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Claire Bardel (6):
      ajout de la fonctionalité: éliminer les haplotypes présents en moins de xxx examplaires
      commit avant la release de la 1.1.0
      re-commit pré-release
      la dernière?
      la vraie dernière?
      correction meta-données (email, license)

Vincent Danjean (32):
      check for .tar.gz before trying to create it
      Stop with an error when input file contains no tree
      prolongation -> no-prologation, à vérifier...
      ajout de FillQuanti (pas finie) et modif de ReadCorrespondQuanti
      doc
      verification que j'ai bien commité tout
      debuggage avec Vince
      bug tableaux
      fin de FillQuanti, ça marche
      modif de la doc pour rapporteurs
      parcoursQuanti et CalculAnova modifiées mais pas finies (non testées)
      pb avec l'appel de tamuanova
      bash completion
      correction bash_completion
      modif dans la lecture de l'arbre
      suite adaptation en quanti: affichage marche, pas la permutation
      Youhou! Ca tourne en quanto anova 1 facteur
      Qualitatif: correction bugs, déplacement de code et suite du développement
      ajout du quantitatif pour phase/paup dans altree-convert
      ajout quanti dans altree-add-S
      récupération de la distrib de pmin
      un reste de cvs
      Ajout de la possibilité de traiter plusieurs fichiers conjointement
      ajout de nanova.pm
      Correction de FillHeight     Calcul de la matrice d'un arbre
      correction de bug de la localisation du fait de la modif 9 fichiers
      correction bug sur all_file foret, calcul des Vi pour tous fichiers

Version v1.0.1
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Vincent Danjean (9):
      make-release to create a release
      Correct make-release for META.yml
      Check for already existing version earlier
      modification du numero de version dans le MAKEFILE.PL

Version v1.0.0
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Vincent Danjean (77):
      résolution du pb des _ dans les noms, plus de flexibilité dans les noms
      On garde root
      selection des arbres
      selection des arbres (correction bugs)
      paup exemples
      phylip/paml exemples
      bug mineur
      debut reorg
      run_altree
      lecture refaite
      restructuration Input
      no CI
      altree un peu mieux
      option output-file
      options
      correction version
      paup ignore le root supplémentaire inutile (comme phylip)
      Deletetion of old Documentation/example_files/     Version 1.0.0
      Release 1.0.0

Version v0.9.2
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Vincent Danjean (34):
      Amélioration README     Alphy tourne en localisation
      Renommage chi2.pm en Alphy::Chi2.pm
      change warn for warning
      orrection du chemin e la bib cutils lgne 1880
      modification in alphy-add-S
      Addition of example files for case control data
      prog avec pb ligne 570
      plein de modifs partout pour adapter à phylip
      modifs dans alphy-add-S: il prend les nb cas/controle dans correspond.txt maintenant
      modifs dans alphy-add-S: opt-s est devenu opt-e
      doc
      version
      fix tests
      version
      man alphy-add-S
      début de man pour alphy-add-S et alphy-convert
      file to ignore
      modif du manuel
      version 0d
      Switching Alphy to ALTree

Version v0.01
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Vincent Danjean (8):
      original version; created by h2xs 1.23 with options -AX -n Alphy::Utils
      initial import
      ajout du .bib

cvs2svn (1):
      New repository initialized by cvs2svn.

