P = Atom('P')
O_1 = Atom('O')
O_2 = Atom('O')

bonds = [Bond(O_1, P), Bond(O_2, P), ]

pdbmap = [('NAP', {"OP2": O_2, "P": P, "OP1": O_1, })]

pdb_alternative = {'O1P': 'OP1', 'O2P': 'OP2'}

amber_atom_type = {O_2: 'O2', P: 'P', O_1: 'O2', }

amber12_atom_type = amber_atom_type
