O_epsilon_1 = Atom('o')
H_epsilon_2_2 = Atom('h')
H_epsilon_2_1 = Atom('h')
C_delta = Atom('c')
C_beta = Atom('c')
H_gamma_3 = Atom('h')
H_gamma_2 = Atom('h')
C_gamma = Atom('c')
N_epsilon_2 = Atom('n')
H_beta_3 = Atom('h')
H_beta_2 = Atom('h')
bonds = [Bond(H_beta_2, C_beta), Bond(H_beta_3, C_beta), Bond(C_gamma, C_beta), Bond(H_gamma_2, C_gamma), Bond(H_gamma_3, C_gamma), Bond(C_delta, C_gamma), Bond(O_epsilon_1, C_delta), Bond(N_epsilon_2, C_delta), Bond(H_epsilon_2_1, N_epsilon_2), Bond(H_epsilon_2_2, N_epsilon_2), ]
name = 'gln_sidechain'
pdbmap = [('GLN', {'2HG': H_gamma_2, 'NE2': N_epsilon_2, '2HB': H_beta_2, '3HG': H_gamma_3, '3HB': H_beta_3, 'CD': C_delta, 'CG': C_gamma, '2HE2': H_epsilon_2_2, 'OE1': O_epsilon_1, 'CB': C_beta, '1HE2': H_epsilon_2_1, }, ), ]
pdb_alternative = {'1HB': '3HB', '1HG': '3HG', 'HG1': '3HG', 'HB3': '3HB', 'HG3': '3HG', 'HB1': '3HB', 'HE21': '1HE2', 'HE22': '2HE2', 'HG2': '2HG', 'HB2': '2HB', }
amber_atom_type = {H_gamma_3: 'HC', H_epsilon_2_1: 'H', C_gamma: 'CT', C_delta: 'C', C_beta: 'CT', H_beta_3: 'HC', H_epsilon_2_2: 'H', N_epsilon_2: 'N', O_epsilon_1: 'O', H_gamma_2: 'HC', H_beta_2: 'HC', }
amber12_atom_type = {H_gamma_3: 'HC', H_epsilon_2_1: 'H', C_gamma: '2C', C_delta: 'C', C_beta: '2C', H_beta_3: 'HC', H_epsilon_2_2: 'H', N_epsilon_2: 'N', O_epsilon_1: 'O', H_gamma_2: 'HC', H_beta_2: 'HC', }
