H_gamma_3 = Atom('h')
H_gamma_2 = Atom('h')
H_delta_2 = Atom('h')
H_delta_3 = Atom('h')
C_gamma = Atom('c')
C_delta = Atom('c')
C_beta = Atom('c')
H_beta_2 = Atom('h')
H_beta_3 = Atom('h')
bonds = [Bond(H_delta_3, C_delta), Bond(H_delta_2, C_delta), Bond(C_gamma, C_delta), Bond(H_gamma_2, C_gamma), Bond(H_gamma_3, C_gamma), Bond(C_beta, C_gamma), Bond(H_beta_2, C_beta), Bond(H_beta_3, C_beta), ]
pdb_alternative = {'1HB': '3HB', '1HD': '3HD', '1HG': '3HG', 'HG1': '3HG', 'HB3': '3HB', 'HG3': '3HG', 'HB1': '3HB', 'HD1': '3HD', 'HD2': '2HD', 'HD3': '3HD', 'HG2': '2HG', 'HB2': '2HB', }
pdbmap = [('PRO', {'2HG': H_gamma_2, '2HD': H_delta_2, '2HB': H_beta_2, '3HG': H_gamma_3, '3HD': H_delta_3, '3HB': H_beta_3, 'CD': C_delta, 'CG': C_gamma, 'CB': C_beta, }, ), ]
amber_atom_type = {C_gamma: 'CT', H_beta_2: 'HC', C_delta: 'CT', H_gamma_2: 'HC', C_beta: 'CT', H_beta_3: 'HC', H_delta_2: 'HP', H_gamma_3: 'HC', H_delta_3: 'HP', }
name = 'pro_sidechain'
amber12_atom_type = amber_atom_type
